Alias - Die Agentin

Sidney kommt wieder zu Bewusstsein. Sie erfährt, dass Vaughn verdächtigt wird, ein Doppelagent zu sein und dass ihr Autounfall arrangiert wurde. Währenddessen wird Vaughn von einem Mann namens Curtis verhört, der von ihm verlangt, einen Code zu entschlüsseln. Nachdem Vaughn entkommen konnte, sucht er Sydney und gesteht ihr, dass sein echter Name Andre Michaux ist, und sein Vater in das Top-Secret-Projekt "Prophet Five" verwickelt ist. Währenddessen durchkämmt Sloane medizinische Berichte um Hilfe für Nadia zu finden, die im Koma liegt. Er erzählt Jack, dass eine Frau namens Renee Rienne helfen könnte, Vaughn aufzuspüren. Als Sydney und Vaughn nach mehr Informationen über Prophet Five suchen, kommt es zur Tragödie.

Sydney findet Renee Rienne, die ihr hilft, die nötigen Daten zu beschaffen, um Vaughns Killer zu finden. Sie erfährt, dass Ivan Curtis, der Schütze, ein Treffen wegen eines geheimnisvollen Pakets mit Heinrich Roemer plant. Sydney muss nun Sloane um Hilfe bitten, denn er hat in der Vergangenheit bereits mit Roemer gearbeitet. Das APO Team folgt Curtis und findet heraus, dass sein Plan noch viel seltsamer ist, als ursprünglich angenommen.

Das APO Team bekommt Filmmaterial einer Überwachungskamera. Eine Computerhackerin bricht in ein Labor ein und stiehlt den tödlichen Nervenkampfstoff Sustanz 33. Das Team glaubt, dass die Frau für Gordon Dean arbeitet und verfolgt die Hackerin bis nach Prag. Dort versucht das APO Team sie im Kampf gegen Dean anzuwerben.

Nachdem Sydney in ein Casino einschleust wurde und einen Laptop mit wichtigen Daten stehlen konnte, wird sie von Gordon Dean gefasst. Flashbacks zeigen, wie Rachel gemeinsam mit Sydney arbeitet und den Versuch des APO Teams, Einsicht in Deans Finanzaufzeichnungen zu bekommen. Sloane wird vor dem Bundesgericht freigesprochen.

Sloane bittet darum, wieder bei der APO eingesetzt zu werden. Doch seine Anfrage wird von einem hochkarätigen Regierungsbeamten abgelehnt. Sloane findet einen Verbündeten in Gordon Dean, der ihm Ratschläge gibt, wie er seinen Job zurückbekommt. Renee Rienne stiehlt eine Chemikalie aus einem Armeedepot um eine Leiche wiederzubeleben, die kyrotechnisch gefroren wurde. Syd und Tom kommen in Renees Loft an und stellen fest, dass der wiederbelebte Mann wertvolle Informationen über Prophet Five hat.

Sloane berichtet Dean, dass Rachels Familie in einem Zeugenschutzprogramm steckt. Dean macht ihm klar, dass er sich darauf einstellen muss, sie umzubringen. Er verlangt, dass Sloane den ungarischen Waffendesigner Janos Vak findet. Vor dem Rest des Apo Teams gibt Sloane vor, dass Vak nur der Köder ist, um Dean zu fassen. Rachel soll den Auftrag alleine durchführen.

Sloane erhält schlechte Nachrichten über Nadias Heilungsschancen. Das bringt ihn dazu, Jack und Sydney seine Zusammenarbeit mit Dean zu gestehen. Sloane bietet an, Dean hinters Licht zu führen und ihn in eine Falle zu locken. Sydney verhört Dean über die Chipkarte und Sloane steht plötzlich unter einem ganz neuen Einfluss.

Eine Mikropuls-Bombe explodiert in einem Zug in Sibirien. Das APO Team findet heraus, dass ein direkter Zusammenhang mit Prophet Five bestehen könnte. Jack identifiziert den Bomber als Lukas Basarov, der auf einer Konferenz in Brasilien ist. Über seinen Laptop soll er eine Sendung empfangen. Rachel wird losgeschickt, eine Wanze in Basarovs Computer einzusetzen. Mitten bei der Arbeit wird Rachel von jemandem gestört, der dieselben Pläne hat und kein Unbekannter ist.

Jack informiert das APO Team, dass Peyton alle Akten über Vaughn hat und zudem ein Teil von Prophet Five ist. Sloane soll Rachels Intel-Analyse überwachen und Sydney wird losgeschickt, um sich mit Renee Rienne zu treffen. Peyton sendet ein Team aus, um Sydney zu entführen: Er will sie für medizinische Experimente des Prophet Five missbrauchen. Sydney wird mit ruhiggestellt und in einen traumartigen Zustand versetzt, in dem sie Erinnerungen an Vaughn heimsuchen.

Sydney konnte vor Peyton fliehen und sendet ein Notsignal an APO. Doch das Signal wird zerstört, bevor Marshall es hören kann. Marshall ist jetzt davon überzeugt, dass Prophet Five in die CIA eingedrungen ist. Das APO Team muss sich undercover in die CIA einschleusen, um Sydneys SOS-Signal empfangen zu können.

Davenport wird von niemand geringerem als Irina Derevko ermordet. Das bringt CIA Director Devlin auf den Verdacht, dass es einen Maulwurf in der APO gibt. Jack, gegen den jetzt offiziell ermittelt wird, unternimmt auf eigene Faust weitere Untersuchungen gegen Prophet Five. Irina trifft Sydney in ihrem Appartement und tauscht Informationen mit ihr über "den Horziont", der in einer Bank Vancouver aufbewahrt wird. Jack, Irina und Sydney fliegen nach Kanada, auf der Jagd nach "Horizont".

Sloane trifft sich mit den Anführern von Prophet Five in Minsk, um über Nadias Rettung zu verhandeln. Als Gegenleistung verlangt Prophet Five, dass Sloane Sydney auf eine Mission schickt. Sydney soll Will Tippin vor Prophet Five Mitglied Anna Espinoza retten.

Das Apo Team reist nach Indien um Anna Espinozas Telefonübertragungen abzuhören. Sloane findet heraus, dass das Heilmittel für Nadias tödlich sein könnte. Jack und Dixon teilen Sydney ihren Verdacht gegen Sloane mit.

Marshall berichtet Jack, dass in dem Mikrochip, der in Renee Riennes Körper gefunden wurde, der Name "Andre Micheaux" eingeätzt ist. Peyton sagt Sloane, dass Sydney nach Nepal geschickt werden muss, um sich mit jemandem wegen des Chips zu treffen. Sloane schickt aber Anna als Sydneys Doppelgängerin, um den Einsatz zu unterbinden. Als Marshall herausfindet, dass das APO Büro abgehört wird, versucht Jack verzweifelt Sydney zu warnen, bevor es zu spät ist.

Sydney, die sich jetzt als Anna ausgibt, bringt Peyton einen Mikrochip mit einem integrierten Peilsender. Sloane beendet die Übersetzung der Seite 47 und berichtet, dass nur der Auserwählte "den Kreis" vollenden kann. Sydney und Vaughn sind wieder vereint, und Vaughn erzählt, wie er seinen eigenen Tod inszeniert hat.

Das APO Team verteilt sich über den gesamten Globus, um sich auf die Massenverhaftung der Prophet Five Mitglieder vorzubereiten. Rachel und Marshall werden gefasst. Carrie, Marshalls Frau, besteht darauf, in seiner Abwesenheit das Team technisch zu unterstützen. Sloane erlaubt Sydney mit Marshall zu sprechen, der eine versteckte Botschaft für seine Frau hat.

Peyton sagt Sloane, dass sie mit einem Verbündeten in China einen Deal für die Rambaldi Artefakte ausgehandelt hat. Sloane arrangiert den Transport von gestohlenen Raketen nach Hong Kong. Sein Plan wird von den APO Mitgliedern durchschaut, die sich jetzt beeilen müssen. Schaffen sie es ihn rechtzeitig aufzuhalten, bevor er die Rambaldi Artefakte benutzen kann?